Lê Lợi tha tội cho Trần Phong. Tuy nhiên, ông vẫn không phục, liên kết với những người từng hợp tác với quân Minh trước đây để chống lại.

Ông viết thư sai người mang qua biên giới, đưa cho tướng nhà Minh, đề nghị quân Minh đến đánh để làm nội ứng. Thư của Trần Phong bị thượng tướng quân ở Thái Nguyên của nhà Lê là Hoàng Nguyên Ý bắt được, mang nộp cho Lê Lợi.

Lê Lợi muốn làm yên lòng những người mới quy phục, nên chỉ bắt người mang thư giết đi.

Tháng 8 năm 1428, Trần Phong cùng những người theo quân Minh trước là Lương Nhữ Hốt và Đỗ Duy Trung lại mưu phản, bị thủ hạ đi tố cáo. Lê Thái Tổ bèn bắt 3 người cầm đầu này giết chết, sau đó hạ chiếu tha hết cho các thủ hạ.